（1）、基本醫療保險費由用人單位和個人共同繳納，體現國家社會保險的強制特征和權利與義務的統一。醫療保險費由單位和個人共同繳納，不僅可以擴大醫療保險資金的來源，更重要的是明確了單位和職工的責任，增強個人自我保障意識。這次改革中國家規定了用人單位繳費率和個人繳費率的控制標準：用人單位繳費率控制在職工工資總額的6%左右，具體比例由各地確定，職工繳費率一般為本人工資收入的2%。
（2）、基本醫療保險基金由社會統籌使用的統籌基金和個人專項使用的個人帳戶基金組成。個人繳費全部劃入個人帳戶，單位繳費按30%左右劃入個人帳戶，其余部分建立統籌基金。個人帳戶專項用于本人醫療費用支出，可以結轉使用和繼承，個人帳戶的本金和利息歸個人所有。
（3）、統籌基金和個人帳戶確定各自的支付范圍，統籌基金主要支付大額和住院醫療費用，個人帳戶主要支付小額和門診醫療費用。統籌基金要按照“以收定支、收支平衡”的原則，根據各地的實際情況和基金的承受能力，確定起付標準和最高支付限額。
（4）、基本醫療保險支付范圍僅限于規定的基本醫療保險藥品目錄、診療項目和醫療服務設施標準內的醫療費用；對提供基本醫療保險服務的醫療機構和藥店實行定點管理；社會保險經辦機構與基本醫療保險服務機構（定點醫療機構和定點零售藥店）要按協議規定的結算辦法進行費用結算。
（5）、基本醫療保險實行一定統籌層次的社會經辦，原則上以地級以上行政區（包括地、市、州、盟）為統籌單位，也可以縣為統籌單位，由統籌地區的社會保險經辦機構負責基金的統一征繳、使用和管理，保證基金的足額征繳、合理使用和及時支付。
（6）、基本醫療保險基金實行財政專戶管理；社會保險經辦機構要建立健全規章制度；統籌地區要設立基本醫療保險社會監督組織，加強社會監督。要進一步建立健全基金的預決算制度、財務會計制度和社會保險經辦機構內部審計制度。
